Radom Hrvatskog audiovizualnog centra upravljaju tri autonomna i ravnopravna tijela: Upravni odbor, Ravnatelj i Hrvatsko audiovizualno vijeće. Upravni odbor upravlja radom Centra i odgovoran je da se njegove aktivnosti provode u skladu s financijskim mogućnostima i unutar zakonskog okvira. Ravnatelj zastupa Centar te organizira i vodi njegov rad i poslovanje, a Hrvatsko audiovizualno vijeće odgovorno je za programsku djelatnost – ono raspisuje Javni poziv i usvaja prijedloge za sufinanciranje audiovizualne proizvodnje i komplementarnih djelatnosti.

Umjetničko vijeće predlaže programe za proizvodnju Hrvatskom audiovizualnom vijeću, a Odjeli i stručne službe HAVC-a zadužene su za izvršavanje odluka koje donose Tijela centra, kao i za operativnu stranu provođenja Nacionalnog programa.