Fedor Škubonja pohađao je Visoku filmsku školu u Beogradu i diplomirao režiju na beogradskoj Akademiji za pozorišnu umetnost. Ključno djelo njegova kvantitativno skromna opusa je srednjemetražni igrani film za djecu Izgubljena olovka (1960), snimljen u hrvatskoj produkciji te nagrađen na festivalima u Veneciji, Mar del Plati i Cannesu (na potonjem je uvršten među deset najboljih dječjih filmova ikad snimljenih). Veliko suđenje (1961), dugometražna komedija za djecu, također u produkciji zagrebačkog Zora filma, ocijenjena je kao promašaj, no drama Nizvodno od sunca (1969), u produkciji beogradskog Dunav filma i podgoričkog (tada titogradskog) Filmskog studija, nagrađena je u Puli Velikom zlatnom arenom. Za sve te filmove scenarije je napisala njegova supruga Stanislava Borisavljević.